Dijan Vukojević avgjorde med två mål. Det första kom i den 18:e minuten – en lobb från egen planhalva, cirka 55 meter, över Robin Olsen.
Diego García kvitterade tidigt i andra halvlek. Men i den 70:e minuten slog Vukojević till igen.
Andrej Djuric nickade in en boll i egen bur i slutminuterna. Men målet dömdes bort för offside.
Malmö dominerade matchen men fick inte till forceringen. Degerfors vann sin första match sedan slutet av april.
De egna supportrarna buade ut laget efter slutsignalen. Johan Karlsson tog det på sig:
– Det är bara att ta. De kommer hit och betalar pengar för att se oss prestera och det gör vi inte, säger han till SVT Sport.
Gaute Helstrup var självkritisk efter matchen:
– Vi är inte tillräckligt bra för Europa just nu, säger han.
Det var Malmös andra raka 1-2-förlust hemma på Eleda Stadion.