Dijan Vukojević slog ett drömskott från egen planhalva i den 18:e minuten. En lobb från cirka 55 meter som seglade över Robin Olsen.
Diego García kvitterade tidigt i andra halvlek. Men Vukojević avgjorde i den 70:e minuten.
Degerfors första seger sedan slutet av april. För Malmö ännu en kris.
De egna supportrarna buade ut laget efter slutsignalen. Johan Karlsson var rak efteråt:
– Det är bara att ta. De kommer hit och betalar pengar för att se oss prestera och det gör vi inte, sa mittfältaren till SVT Sport.
Gaute Helstrup var lika tydlig:
– Vi är inte tillräckligt bra för Europa just nu.
Malmö höll på att släppa in ett tredje mål när Andrej Djuric nickade i eget mål i slutminuterna. Men det dömdes bort för offside.
Mesta mästarna fortsätter att hacka.