Anton Andreasson satte 1-0 i den 51:a minuten. Botheim kvitterade i den 73:e.
Tränare Miguel Angel Ramirez såg ett lag som kämpade med vädret. Första halvleken var svår för båda lagen.
– Vi hade problem i den första halvleken där vädret ställde till det för båda lagen. Vi hade svårt att hitta rätt tempo i spelet i inledningen, säger Ramirez.
Målet kom efter egna misstag.
– Målet vi släpper in i början av den andra är onödigt och speglade inte matchbilden där och då, och det kom efter misstag från vår sida, säger han.
Malmö skapade flera chanser mot slutet. Det räckte inte hela vägen.
– Vi avslutar matchen bra och skapar flera chanser. Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, säger Ramirez.
Ett oväntat poängtapp i säsongsstarten för förra årets topplag.