Kristian Lien öppnade målskyttet i den 35:e minuten. Jeppe Okkels gjorde 2-0 i den 58:e. Patric Åslund satte slutresultatet 3-0 i den 82:a.
Malmö hade några chanser under den första halvtimmen. Sedan kollapsade hemmalaget.
– Vi var inte ett lag sista timmen, säger Gaute Helstrup efter matchen. Vi öppnade upp oss, vi var långa, breda och blottade oss för kontringar.
Djurgården dominerade matchbilden efter paus. Malmö blev rädda och hade inga svar.
– Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget sista timmen, fortsätter Helstrup.
Hemmalaget hade 62 procent bollinnehav men skapade för lite. Djurgården var kliniska i sina kontringar.
– Vi måste bli ett bättre fotbollslag som får med sig mer på hemmaplan, konstaterar Helstrup.
En förlust som väcker frågor inför höstens avgörande matcher.