Paulos Abraham gav Bajen drömstart redan i den andra minuten. Han satte returen efter att Victor Lind träffat stolpen.
Ledningen stod sig till paus. Då var Hammarby vidare med 2–1 i dubbelmötet.
Men efter halvtid vände allt. Danylo Sikan kvitterade direkt i 47:e minuten. Samme Sikan som gjort mål på Tele2 arena förra veckan.
Anderlecht dominerade andra halvlek totalt. I 81:a minuten kom avgörandet.
Warner Hahn tippade ut en retur rakt i planen. Mihajlo Cvetković fick gott om tid och satte 2–1.
Anderlecht lade även på till 3–1 i slutet. Totalt 4–2 över två matcher.
Nahir Besara startade på bänken trots kaptensbindeln. Oscar Johansson Schellhas fick förtroendet från start för defensiv stabilitet.
Det räckte inte. Hammarbys europaäventyr är över för den här säsongen.