Över 1 500 blåvita supportrar såg segern i Tallinn. Efter matchen upptäcktes omfattande skadegörelse på arenan.
Två av fyra toaletter på bortasektionen har förstörts helt. Toalettstolar, innertak, toalettbås och stolar på läktaren har slagits sönder.
Uefas delegat dokumenterade skadorna. Estlands fotbollsförbund publicerade ett officiellt uttalande efter matchen.
– Under matchen befann sig bland annat svensk polis och säkerhetspersonal från IFK Göteborg i bortasektionen på den norra läktaren. Tillsammans med säkerhetschefen inspekterade de skadorna efter matchen. De materiella skadorna är under alla omständigheter betydande, skriver förbundet.
I Studio Allsvenskan förutspådde Björn Wesström och Granit Maqedonci att Göteborg kunde straffas för händelser på bortaplan.
Segern i Tallinn kan bli dyr för klubben.