Henry Sletsjøe hade gett Gais ledningen i den 52:a minuten. Robert Frosti Thorkelsson hittade fram till honom, som bredsidade in 1-0 bakom Tim Rönning.
Göteborgslaget kontrollerade matchen och såg ut att ta tre poäng. Men i den andra minuten av tilläggstid vände allt.
Inhopparen William Milovanovic skulle rensa bollen i eget straffområde. Då kom Malte Persson emellan och sparkades ner.
Domaren pekade på straffpunkten. Rocco Ascone satte säkert och räddade en poäng till jumbolaget.
– Vi har oss själva att skylla. Det är flera gånger under säsongen vi har spelat för dåligt under slutet av matcherna. Vi blir för fega och oorganiserade, säger Sletsjøe.
Halmstads BK får sin första poäng sedan sommaruppehållet – Gais går miste om chansen att bygga vidare på Europavinsten mot Nordsjælland.