Anton Andreasson satte 1–0 för Örgryte i den 51:a minuten. Botheim kvitterade i den 73:e.
Vädret påverkade spelet i första halvlek. Båda lagen hade svårt att hitta rytmen.
Tränare Miguel Angel Ramirez var besviken efter matchen.
– Vi hade problem i den första halvleken där vädret ställde till det för båda lagen. Målet vi släpper in i början av den andra är onödigt och speglade inte matchbilden, säger han.
MFF skapade flera chanser i slutet. Det räckte inte.
– Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, säger Ramirez.
Ett poängtap i premiären för Malmö som förväntades vinna mot nykomlingen från Göteborg.