Kristian Lien satte 1-0 i den 35:e minuten. Jeppe Okkels utökade till 2-0 i den 58:e. Patric Åslund avslutade på straff i den 82:a minuten.
Malmö hade en bra start de första 30 minuterna. Sedan försvann allt.
– Vi var inte ett lag sista timmen, säger tränare Gaute Helstrup efter matchen.
– Vi öppnade upp oss, vi var långa, breda och blottade oss för kontringar. Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget sista timmen.
Helstrup var tydlig med att Malmö måste prestera bättre på hemmaplan.
– Vi måste bli ett bättre fotbollslag som får med sig mer på hemmaplan, säger han.
I TuttoSvenskan-podden konstaterades inför omgången att Malmö hade en draw och ett kryss på de två senaste matcherna. Nu blev det förlust istället.
Malmö fortsätter att kämpa för att hitta formen på Eleda Stadion.