Diego Garcia nickade in matchens enda mål i den 44:e minuten. Theodor Lundbergh slog inlägget från vänster.
Uppsalalaget hade svårt att bryta igenom Malmös press. Isak Bjerkebo ropade på straff efter en halvtimme när han fälldes av Jovan Milosavljevic. Domaren vinkade av.
– Det kändes som att han kom bakifrån, men om det är på boll så är det på boll, säger Bjerkebo till SVT Sport.
Sirius gick 16 matcher utan förlust under våren. Nu är det fyra raka utan poäng. Försprånget till tvåan Hammarby har krympt till sex poäng.
Bjerkebo kan ha spelat sin sista match i Sirius. 23-åringen har ryktats till både Sevilla och PSV Eindhoven.
– Jag vet faktiskt inte om jag är kvar nästa vecka, säger han till SVT Sport.
SVT:s expert Magnus Eriksson har varit tydlig: Om Sirius säljer Bjerkebo är guldet borta.