Nykomlingen pressade Peking hårt på Skarsjövallen. Ljungskile hade flera chanser att ta ledningen i första halvlek.
Men den 19-årige målvakten Theo Krantz räddade IFK Norrköping med en frilägesräddning när Isaac Shears kom fri.
I stället blev det mål i andra änden. Nelson satte 1–0 efter assist från Tim Prica.
Lagkapten Christoffer Nyman saknades på grund av sjukdom. Det märktes.
Norrköping fick kämpa betydligt hårdare än i 6–0-krossen mot Värnamo i premiären. Den ojämna gräsmattan på Skarsjövallen var en annan verklighet än hemmapremiären.
– Första målet var viktigt, säger Nelson till TV4.
Norrköping har full pott efter två omgångar i Superettan. Nästa match är borta mot Örebro tisdag 21 april.