Paulos Abraham kvitterade tre minuter senare. Jacob Bergström avgjorde strax innan paus.
I slutminuten ville Hammarby ha straff när Abraham ramlade i straffområdet. Domaren friade. Viktor Gustafson blev utvisad för hårdragning.
– Från min position ser det ut att vara straff, säger Kalle Karlsson.
Hammarby-spelarna vägrade ta emot sina silvermedaljer.
– Man har fått några silvermedaljer nu de senaste åren. De är man trött på, säger Nahir Besara.
Målvakt Warner Hahn är trött på andra- och tredjeplatser.
– Det börjar bli tråkigt, säger Hahn.
Bergström jämförde med sin tid i Djurgården.
– Det tänkte jag väl när jag skrev på för Djurgården. Men det blev ingenting där, säger han till Fotbollskanalen.
Mjällby vann SM-guld förra året och cupen i år – klubben är på väg att bli en stormakt i svensk fotboll.