Elliot Stroud gav Mjällby ledningen i den 19:e minuten med ett klassmål. Paulos Abraham kvitterade tre minuter senare.
Jacob Bergström avgjorde strax innan halvtid. 31-åringen hyllade Mjällbys supportrar efter matchen.
– Det är för dem vi gör det här, säger Bergström.
Finalen slutade i kaos. Hammarby ville ha straff när Abraham föll i straffområdet i slutskedet. Domaren friade.
– Det ser ut att vara straff från min position, säger Hammarbys Kalle Karlsson.
Målvakten Warner Hahn var besviken på domslutet.
– Vi säger att vi inte vill ha VAR, men vi fortsätter se misstag varje vecka, säger Hahn.
Hammarby vägrade ta emot silvermedaljerna efter matchen.
– Man har fått några silvermedaljer nu de senaste åren. De är man trött på, säger Nahir Besara.
Hahn håller med.
– Det börjar bli tråkigt, säger han.
För Mjällby är det andra raka titeln efter SM-guldet 2025.