De svenska mästarna höll nollan i första halvlek. Men efter 50 minuter släppte det. Karim Konaté gjorde 1–0, sedan 2–0 på sex minuter.
Haris Tabakovic punkterade matchen med tio minuter kvar.
– I första halvlek lyckades vi hålla oss låga och låta dem spela utanför oss och söka kontra lite, men i andra, när de väl gör 1–0, så, nej, då går det lite för snabbt när vi flyttar upp positionerna, säger Viktor Gustafson till BLT.
Totalt blev det 4–0 över två matcher. Mjällby åkte ut ur Europa League-kvalet.
– Salzburg är det bättre laget. Mjällby får slicka såren i allsvenskan och i Conference League, som inte är fy skam. Ett Europaäventyr som kan ge truppen erfarenhet och klubben en ekonomisk skjuts, säger experten Siavoush Fallahi i Sportbladets sändning.
Blekingelaget får nu rikta in sig på gruppspelet i Conference League i höst.