Pontus Jansson nickade in 1-0 i den 20:e minuten. Oscar Sjöstrand utökade till 2-0 i den 38:e. Otto Rosengren satte 3-0 strax innan paus.
Shalom reducerade för Gais i den 87:e minuten. Det hjälpte inte.
Tränaren Miguel Ángel Ramírez var nöjd efteråt.
– Jag är nöjd med prestationen, med arbetet och med kemin mellan mina spelare, säger han enligt Gasetten.
17-årige Theodor Lundbergh fick chansen från start och imponerade.
– Han var riktigt bra. Man glömmer att han bara är 17 år, säger Ramírez.
Taha Ali var också nära att göra mål men sköt rakt på målvakten.
Gais kom till Malmö hårt drabbade av skador. Gustav Lundgren, Kevin Holmén, Mergim Krasniqi och Filip Beckman saknades alla.
Nu har laget noll poäng efter två omgångar.