Carl Gustafsson satte 1-0 i den 13:e minuten. Noah Åstrand John kvitterade i den 30:e.
Charlie Rosenqvist gav Kalmar ledningen igen i den 33:e minuten. Hemmalaget gick till paus med 2-1.
Men i den 64:e minuten kom Adrian Skogmar. Han kvitterade till 2-2.
Malmö-tränaren Gaute Helstrup erkände problemen efter matchen. "Vi hade det lite svårt under inledningen av matchen", sa han.
Hemmalaget spelade framför över 9 000 åskådare på Guldfågeln Arena. Robert Gojani gjorde sin 100:e match för Kalmar.
Malmö tog en poäng i en match där de låg under två gånger. Kalmar tappade segern i andra halvlek för andra gången på en vecka.