Felix Eriksson föll i duell med Kazper Karlsson. Domaren pekade på straffpunkten.
– Vi ser väl alla samma sak, att det inte är straff. Jag är trött på de här domarna, säger Karlsson till SVT Sport.
Sam Larsson gjorde mål från straffpunkten i den 25:e minuten. Det blev revansch efter missat straff i veckans Europaspel.
– Det var dags att kliva fram och så blev det bra. Straff är ju vad det är. Det är mest nerver, säger Larsson.
Göteborg höll säsongens första nolla under Joachim Björklunds ledning. Assisterande tränaren tog över efter att Stefan Billborn sparkades.
August Erlingmark fick chansen från start i stället för Hjörtur Hermannsson. Saidou Alioum och Sam Larsson ersatte den avstängda duon Tobias Heintz och David Kruse.
Degerfors elfte raka match utan vinst gör att läget i bottenstriden blir allt mer prekärt.