Matties Volckaert gav Gent ledningen i den första halvleken. Det innebar 2–0 totalt i dubbelmötet.
Saidou Alioum kvitterade i minut 85. Men det räckte inte för att ta Blåvitt vidare.
– Jag har inga problem med resultatet i sig, för jag tycker att Gent är snäppet bättre än oss. Vi visar att vi inte ger upp och att vi är svårslagna, så det är plus, säger Joachim Björklund.
Blåvitt blir det andra svenska laget som åker ut. Hammarby är också ute ur turneringen.
Det betyder att svensk fotboll än en gång misslyckas i jakten på gruppspel i Europa.