Kristian Lien öppnade måltjocken i den 35:e minuten. Jeppe Okkels och Patric Åslund satte sedan sina mål.
Gaute Helstrup var självkritisk efter slutsignalen.
– Vi var inte ett lag sista timmen. Vi öppnade upp oss, vi var långa, breda och blottade oss för kontringar, sade Helstrup enligt klubbens hemsida.
Han fortsatte:
– Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget sista timmen. Sista timmen var en allt för dålig prestation och väldigt lite att bygga vidare på.
Malmö FF hade några ljusglimtar under matchens första halvtimme. Men det räckte inte.
– Vi måste bli ett bättre fotbollslag som får med sig mer på hemmaplan, sade Helstrup.
I TuttoSvenskan kallade panelen matchen för "en överkörning". Helstrups facit visar nu fyra segrar, tre förluster och ett kryss – fem av matcherna mot lag i bottenstrid.