Paulos Abraham nickade in en retur redan i den andra minuten på Lotto Park. Victor Lind hade träffat stolpen.
Ledningen höll till paus. Då var Bajen vidare.
Men Anderlecht bytte ansiktet i andra halvlek. Danylo Sikan kvitterade direkt efter paus, i den 47:e minuten.
Mihajlo Cvetković avgjorde i den 81:a. Warner Hahn räddade först men tippade returen rakt ut. Cvetković hade gott om tid.
Anderlecht ökade till 3–1 i slutminuterna. Totalt 4–2 över två matcher.
Kaptenen Nahir Besara började på bänken, likaså Amin Boudri. Oscar Johansson Schellhas startade istället för defensiv stabilitet.
Det hjälpte inte. Hammarby dominerade första halvlek men orkade inte hålla emot när Anderlecht trampade på.
Ännu en svensk Europa-dröm som dog i kvalet.