Amin Boudri blev utvisad tidigt i andra halvlek. Allsvenskans dyraste spelare genom tiderna drog på sig sitt andra gula kort efter en duell framför domaren.
– Det blir så ibland när man är för het, när man vill för mycket, säger Boudri efteråt.
Stratos Svarnas nickade in matchens enda mål på frispark. En grekisk panna som skickade ut Bajen.
Trots numerärt underläge hade Hammarby flera kvitteringslägen. Men lämnade matchen mållöst.
– Det känns som att vi kastar bort det igen. Det är bara på oss och ingen annan, säger Paulos Abraham.
Förre AIK-spelaren Erick Ouma Otieno jublade åt segern.
– Det var rättvist, i slutet av dagen var det vi som vann, säger Raków-spelaren.
Hammarby missar därmed Europaspel denna säsong.