Häcken tog ledningen redan i fjärde minuten genom Lindgren. Sedan kom ett självmål som gjorde det 2-0.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö i den 24:e minuten. Erik Botheim kvitterade till 2-2 i den 40:e.
Men Lindgren avgjorde med sitt andra mål i den 37:e minuten – innan Malmbotheim hann göra 2-2.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var självkritisk efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar, sa han.
6163 åskådare såg Häcken förlänga sin obesegrade svit till sju matcher. Laget har nu två segrar och fem oavgjorda.
Malmö tappade viktiga poäng i toppstriden.