Den målrika första halvleken innehöll fem fullträffar. Lindgren öppnade redan i den fjärde minuten. Sedan kom ett självmål som gjorde det till 2–0.
Gabriel Busanello och Erik Botheim kvitterade för Malmö. Men Lindgren avgjorde med sitt andra mål i den 37:e minuten.
Tränaren Miguel Angel Ramirez var självkritisk efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, sa han.
6 163 åskådare såg matchen på Hisingen. Häcken är fortsatt obesegrade efter sju omgångar med tre vinster och fyra kryss.
Lagkapten Mikkel Rygaard hade före matchen sagt att laget var taggat på att vinna efter att ha bjudit bort poäng.
Malmö FF:s defensiva bekymmer fortsätter att vara ett problem i kampen om toppen.