Gustav Lindgren ordnade dubbel och självmål gav tre poäng. Gabriel Busanello och Erik Botheim gjorde Malmös mål i första halvlek.
Malmös tränare Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, säger han enligt klubbens hemsida.
Lindgren satte 1–0 redan i fjärde minuten. Busanello kvitterade i den 24:e. Självmål gav Häcken ledningen igen i minut 20.
Botheim kvitterade till 2–2 i den 40:e minuten. Men Lindgren avgjorde med sitt andra mål i den 37:e.
Häckens lagkapten Mikkel Rygaard hade innan match sagt att laget känt att de bjudit bort poäng. Det gjorde de inte den här gången.
6163 åskådare såg Häcken ta sin tredje seger och fortsätta obesegrade i Allsvenskan.