Lindgren öppnade målskyttet redan i den fjärde minuten. I den 20:e minuten kom Häckens andra mål via ett självmål. Gabriel Busanello reducerade för Malmö i den 24:e minuten.
Lindgren avgjorde med sitt andra mål i den 37:e minuten. Erik Botheim kom tillbaka för Malmö i den 40:e minuten, men Häcken höll undan.
6163 åskådare såg matchen på Nordic Wellness Arena.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, sa han.
Häcken är fortsatt obesegrade i årets allsvenska efter sju omgångar med tre vinster och fyra kryss.