Hemmalaget exploderade i första halvlek. Lindgren satte 1-0 redan i den fjärde minuten. Ett självmål ökade till 2-0.
Gabriel Busanello reducerade för bortalaget. Sedan gjorde Erik Botheim 2-2 innan paus.
Lindgren avgjorde i andra halvlek med sitt andra mål i matchen. 3-2 blev slutresultatet.
6 163 åskådare såg matchen på Nordic Wellness Arena.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var besviken efteråt.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, säger han.
Mikkel Rygaard hade innan matchen pratat om att laget behövde bli mer noggranna i båda straffområdena. Det blev de i alla fall framåt.
Häcken är fortsatt obesegrade i Allsvenskan efter sju omgångar.