Lindgren öppnade målfesten redan i den fjärde minuten. Ett självmål gav Häcken 2-0 i den 20:e minuten.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö. Sedan slog Lindgren till igen – 3-1 i den 37:e minuten.
Erik Botheim gjorde 3-2 strax före paus. Men Malmö kom inte närmare.
6 163 åskådare såg Häcken förlänga sin obesegrade svit till sju matcher. Två segrar och fem oavgjorda.
Malmös tränare Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar.
Häckenkaptenen Mikkel Rygaard hade sagt före matchen att laget ville sluta bjuda bort poäng. Det lyckades.
Malmö har nu tappat viktiga poäng i kampen om serietoppen.