Kristian Lien nickade in 1-0 i den 35:e minuten. Bo Hegland vann bollen vid mittplan och spelade fram Piotr Johansson, vars inlägg hittade Lien.
– Ett fantastiskt inlägg av Piotr, jag blir överraskad varje gång han lägger en boll så perfekt till mig, säger Lien till SVT Sport.
Jeppe Okkels gjorde 2-0 i den 58:e minuten efter Heglands framspelning. Hans första allsvenska mål sedan maj. Patric Åslund avslutade i den 82:a minuten.
Hegland låg bakom de två första målen med sina yttersidor.
– Det var en väldigt dedikerad insats, speciellt defensivt. Vi höll ihop starkt som lag, säger Jani Honkavaara.
Malmöpubliken buade efter slutsignalen. Adrian Skogmar var självkritisk.
– Det är för dåligt, säger han till SVT Sport.
Djurgården går upp på fjärde plats med en match i hand.