Bo Hegland vann bollen vid mittplan i den 35:e minuten. Han hittade Piotr Johansson på vänsterkanten.
Johanssons inlägg nådde Kristian Lien som nickade in 1-0. Norrmannens tolfte allsvenska mål för säsongen.
– Ett fantastiskt inlägg av Piotr, jag blir överraskad varje gång han lägger en boll så perfekt till mig, säger Lien till SVT Sport.
Jeppe Okkels utökade till 2-0 i den 58:e minuten. Patric Åslund satte 3-0 i den 82:a.
Malmö-tränare Gaute Helstrup var hård i sin självkritik efter matchen.
– Vi var inte ett lag sista timmen. Vi öppnade upp oss och blottade oss för kontringar. Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget, säger han.
– Det är för dåligt, konstaterade Malmös Adrian Skogmar till SVT Sport.
Hegland hyllades efteråt för sina avgörande framspelningar med högern.
Djurgården studsade tillbaka starkt efter förlusten i derbyt.