Hampus Finndell och Miro Tenho gav Djurgården 2–0 efter 16 minuter. Kevin Filling reducerade till 1–2 efter 22 minuter.
Fillings andra mål dömdes bort för offside vid 2–1. TV-bilderna visade att målet skulle godkänts.
– Sen när folk säger att det är en-två meter onside, det är surt såklart, säger Filling.
Djurgården vann till slut med 4–2. Bo Hegland låg bakom alla fyra målen.
– Allsvenskans överlägset bästa fotbollsspelare, säger Daniel Stensson om Hegland.
Zadok Yohanna byttes ut i halvtid med en skada. AIK släppte in fyra mål efter att ha släppt in sju på de första sex matcherna.
– Det är fruktansvärt dåligt, framför allt hur vi släpper till målen, säger Mads Thychosen.
Ibrahim Cissé var självkritisk om de fasta situationerna.
– Det är för dåligt idag, säger mittbacken.
SVT:s expert Magnus Eriksson pekade ut AIK:s försvarsspel som avgörande.
– Det där är en försvarsmiss av AIK, såklart bör de plocka upp en av Djurgårdens bästa huvudspelare.
Djurgården bröt elva raka allsvenska derbyn utan seger och ligger nu fyra i Allsvenskan med 13 poäng efter sju omgångar.