Dijan Vukojevic gjorde båda målen. Det andra var ett drömskott från minst 60 meter.
Diego Garcia kvitterade till 1-1 i den 48:e minuten. Men Vukojevics dunderskott avgjorde i den 70:e.
Malmö hade 74 procent bollinnehav och 12 avslut mot Degerfors fem. Det räckte inte.
Egna supportrarna buade ut laget efter slutsignalen.
– Det är bara att ta. De kommer hit och betalar pengar för att se oss prestera och det gör vi inte, säger Johan Karlsson till SVT Sport.
Malmö räddade tre poäng borta mot BP för en vecka sedan. Ingen ny vändning den här gången.
Andrej Djuric nickade in en boll i eget mål i slutminuterna. Men det dömdes bort för offside.
Mesta mästarna fortsätter att hacka och krisen fördjupas.