Anton Andreasson sköt in 1–0 i den 51:a minuten. Erik Botheim kvitterade i den 73:e.
Tränare Miguel Angel Ramirez var inte nöjd.
– Vi hade problem i den första halvleken där vädret ställde till det för båda lagen. Vi hade svårt att hitta rätt tempo, sa han efter matchen.
Målet Malmö släppte in kom efter egna misstag.
– Målet vi släpper in i början av den andra är onödigt och speglade inte matchbilden där och då, och det kom efter misstag från vår sida, sa Ramirez.
Malmö avslutade starkt och skapade flera chanser. Men det räckte inte till seger.
– Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, sa Ramirez.
En tung start för Malmö som brukar inleda säsongen starkare.