Lagkapten Tabby Tindell nickade in 1-0 redan efter fyra minuter på Valhalla IP. Häcken dominerade spelet men fick vänta till den 86:e minuten.
Då satte Anna Anvegård 2-0 och avgjorde.
IFK Göteborg föll djupt och gjorde ytorna små. Det gjorde det svårt för Häcken att skapa riktigt farliga lägen trots att de hade det mesta av spelet.
Över 500 biljetter var sålda till matchen. Barn och ungdomar under 18 år gick in gratis.
Häcken tar med sig derbyvinsten in i gruppspelet av cupen.