Miodrag Milosavljevic öppnade målskörden i den 44:e minuten. Det var den serbiske anfallaren som fick första starten.
Sedan exploderade MFF i andra halvlek. Andreas Brönner gjorde 2–0 i den 49:e minuten. Hugo Rosengren och Pontus Kurtulus utökade till 4–0.
Andri Gudjohnsen och ett självmål avslutade målskörden. Lindö reducerade till 1–5.
– Vi är glada för att gå vidare, sa tränare Gaute Helstrup efter matchen.
– Det är flera spelare som får mycket speltid. Det är bra för oss att se dem i match samtidigt som det gör dem starkare.
Helstrup var nöjd med skapade chanser men vill se ännu tydligare rörelser.
Malmö får nu bra matcher i februari och chansen att gå vidare i cupen.