Johan Hove satte straffen säkert i den 26:e minuten. Bersant Celina hade fällts av Jakob Kindberg efter fint förarbete från Zadok Yohanna.
Mitt i jublet blev det bekymmer. Dino Besirovic tvingades utgå skadad med obehag i högerfoten.
Efter matchen var varken spelare eller tränare nöjda.
– Vi kanske underskattade dem, men jag tyckte de gjorde flera bra saker och gjorde det svårt för oss, säger Hove.
Tränare José Riveiro var ännu tuffare i sin bedömning.
– Jag tycker de var bättre än oss i många aspekter. Vi får vara glada med tre poäng, men jag får också vara lite kritisk med oss, säger han i TV4.
Målvakt Kristoffer Nordfeldt höll med.
– Kalmar är bättre än oss i stora delar av matchen, medger han.
AIK har fyra poäng på tre matcher. Kalmar står fortfarande på noll.