Johan Hove satte straffmålet i den 26:e minuten. Bersant Celina fälldes av Jakob Kindberg efter fint förarbete från Zadok Yohanna.
I samma minut tvingades Dino Besirovic utgå skadad. En vadskada.
– Jag passade bollen till Celina och då kände jag att någonting var fel. Det var väldigt smärtsamt, säger en nedstämd Besirovic.
Han genomgår MR-undersökning.
– Självklart är jag orolig, jag vill spela.
AIK-tränaren José Riveiro var långt ifrån nöjd.
– Jag tycker de var bättre än oss i många aspekter. Vi får vara glada med tre poäng, men jag får också vara lite kritisk med oss, säger han i TV4.
Målvakten Kristoffer Nordfeldt höll med.
– Kalmar är bättre än oss i stora delar av matchen, medger han.
AIK har nu sju poäng på tre matcher – men mittfältets motor kan vara borta en tid.