Johan Hove satte straffmålet i den 26:e minuten. Zadok Yohanna spelade fram Bersant Celina som fälldes av Jakob Kindberg.
Mitt i jublet tvingades Dino Besirovic kliva av skadad. Muskelskada i vaden.
– Jag passade bollen till Celina och då kände jag att någonting var fel. Det var väldigt smärtsamt, säger Besirovic.
Han genomgår MR-undersökning.
Trots segern var José Riveiro tydlig i sin kritik.
– Jag tycker de var bättre än oss i många aspekter. Vi får vara glada med tre poäng, men jag får också vara lite kritisk med oss, säger AIK-tränaren till TV4.
Hove höll med.
– Vi kanske underskattade dem. Det var inte helt topp från vår sida och det måste vi kolla på, säger målskytten.
Nassef Chourak menade att Kalmar förtjänade mer.
– Vi spelade väldigt, väldigt bra och jag känner att vi förtjänade en poäng, kanske tre.
AIK har nu sju poäng på tre matcher. Kalmar står på noll.