Johan Hove satte straffen efter 26 minuter. Zadok Yohanna spelade fram Bersant Celina som fälldes av Jakob Kindberg.
Direkt efter målet tvingades Dino Besirovic kliva av skadad. Han hade satt sig ner i gräset istället för att fira.
– Jag passade bollen till Celina och då kände jag att någonting var fel. Det var väldigt smärtsamt, säger Besirovic.
Skadan är muskulär i vaden. MR-undersökning görs i dag.
AIK har nu sju poäng på tre matcher och är obesegrade. Men insatsen imponerade inte.
– Vi kanske underskattade dem. Det var inte helt topp från vår sida och det måste vi kolla på, säger Hove.
Kalmar fortsätter vänta på sina första poäng. De skapade tidiga chanser, men Kristoffer Nordfeldt räddade bland annat ett skott från Marius Söderbäck.
19-årige Stanley Wilson har nu spelat 260 av 270 möjliga minuter för AIK i säsongsstarten.