Ryan Nelson avgjorde med 1–0-målet i den 26:e minuten. Assist från Tim Prica.
På en ojämn gräsmatta på Skarsjövallen fick Norrköping kämpa ordentligt. Hemmalaget var nära ledning ett par gånger i första halvlek.
Målvakten Theo Krantz, 19, räddade Norrköping med en frilägesräddning på Isaac Shears.
Lagkapten Christoffer Nyman saknades på grund av sjukdom.
– Första målet var viktigt, säger Nelson till TV4.
Ljungskile fick varningar på Filip Ambroz och Ivan Maric. Norrköping fick en gul på Axel B.
Nästa match väntar borta mot Örebro tisdag 21 april.
Efter en premiär som andades storklubb möter Norrköping nu superettans verklighet.