Charles Sagoe Jr hotade från vänsterkanten i en bra start. Melker Hallberg fick möjlighet på frispark efter att Charlie Rosenqvist blev tacklad i friläge.
Men i den 11:e minuten stötte Achraf Dari in bollen i eget mål. 0-1 till VSK.
Kalmar hade börjat bäst under de första tio minuterna. Skapade chanser genom Sagoe Jr. Det hjälpte inte.
Tränare Toni Koskela fick klara sig utan fem skadade spelare. Carl Gustafsson, Malcolm Stolt, Sodiq Lawal, Abdussalam Magashy och Aboubacar Keita saknades alla.
Nu väntar Djurgårdens IF borta på söndag. Kalmar behöver snabbt sätta premiärförlusten bakom sig.