Diego Garcia nickade in matchens enda mål strax innan halvtid. Theodor Lundbergh slog inlägget från vänster.
En chansfattig första halvlek. Efter en halvtimme ropade Isak Bjerkebo på straff efter en närkamp med Jovan Milosavljevic. Domaren fällde inte.
– Det kändes som att han kom bakifrån, men om det är på boll så är det på boll, säger Bjerkebo till SVT Sport.
Malmö-tränare Gaute Helstrup var nöjd efter segern.
– Jag tycker att vi gjorde en kontrollerad första halvlek. I andra halvlek blir det mycket försvarsspel. Vi får stå upp och försvara vår box men vi gör det bra, säger han till klubbens hemsida.
I den andra halvleken hoppade Neo Jönsson in för Sirius. Yttern har varit borta länge.
Sirius gick tidigare 16 raka matcher utan förlust. Nu fyra raka utan poäng.