Isak Bjerkebo slog till redan i nionde minuten. Han fick kliva fram centralt utan press och avslutade via ett försvarande ben.
Sedan hände inget på 60 minuter.
I den 70:e minuten slog målvakten David Celic en lång boll mot mittplan. Robbie Ure kom ensam med Warner Hahn och rullade in 2–0.
Paulos Abraham saknades i startelvan för Hammarby. Hattrickskytten från premiären hade enligt uppgifter en skadekänning. Han hoppade in i slutet tillsammans med Tesfaldet Tekie, men det gav ingen effekt.
Hammarby kom till Uppsala med 3–0 i premiären i bagaget. De förde visserligen spelet i första halvlek men skapade aldrig några riktiga målchanser.
Sirius får även revansch efter strafförlusten mot Bajen i cupsemifinalen för några veckor sedan.