Paulos Abraham hattrickshjälte från premiären, sattes på bänken. En lättare skadekänning höll honom utanför startelvan.
Expert Magnus Eriksson kritiserade beslutet i SVT:s Fotbollsstudio. Abraham byttes in i den 63:e minuten.
– Uppenbarligen är han tillräckligt frisk för att komma in och bidra, säger Eriksson.
Nahir Besara pekade ut hemmabackarna som matchavgörande.
– Bjerkebo och Ure är topp i allsvenskan, säger han till Fotbollskanalen.
Hammarby kämpade i underläge mot Sirius stabila försvar och farliga omställningar.
Neo Jönsson gjorde ingen poäng den här gången, men segern smakade extra. Pappan Nicklas har ett förflutet i Hammarby.
– Det betyder extra att slå alla lag från Stockholm, men speciellt Hammarby med farsans bakgrund, säger han.
Efter slutsignalen uppstod tumult. Sirius mittfältare Marcus Lindberg anklagade Frank Junior Adjei för att ha stuckit fingret i ögat på honom.
– Det var hundra procent med mening, säger Lindberg.
Sirius fortsätter sin starka start medan Hammarby får söka svar.