Anton Andreasson satte 1–0 för hemmalaget i den 51:a minuten. Erik Botheim kvitterade i den 73:e.
MFF hade problem i första halvleken. Vädret ställde till det för båda lagen.
– Vi hade svårt att hitta rätt tempo i spelet i inledningen, säger tränare Miguel Angel Ramirez efter matchen.
Målet Malmö släppte in kom efter egna misstag.
– Målet vi släpper in i början av den andra är onödigt och speglade inte matchbilden där och då, säger Ramirez.
MFF avslutade starkt och skapade flera chanser. Men det räckte inte till seger.
– Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, säger Ramirez.
Ett misslyckad premiär för ett lag som brukar slåss om guldet.