Noah Persson sköt in 1-0 efter en retur. Tim Rönning i Halmstads BKsmålet borde ha styrt ut bollen åt sidan.
Stockholmslaget hade chans på chans. Men kunde inte göra mål förrän i tilläggstid.
– Det är det bästa som finns att vinna med 1-0 i sista minuten, säger Persson efter matchen.
Hammarby jagar tabellledaren Sirius. Varje poäng räknas när säsongen närmar sig slutet.
Halmstads BK ligger sist i tabellen. De såg länge ut att ta en poäng genom murspel.
Men när klockan tickade in i den 91:a minuten sprack försvaret. Persson blev matchhjälte.
En klassseger för Hammarby som fortsätter sin toppstrid.