Avtalet sträcker sig till sommaren 2027. Blåvitt har en köpoption inbakad i affären.
26-åringen har haft det tufft med speltiden i Djurgården. På sju allsvenska framträdanden den här säsongen har han gjort ett mål.
I torsdags saknades Zugelj helt på Djurgårdens träning. Tränaren ville inte kommentera anledningen.
– Jag har fått väldigt goda intryck av Blåvitt och Göteborg och har sett vilken fantastisk atmosfär det är på Gamla Ullevi, säger han till klubbens hemsida.
Slovenen är spelklar till söndagens derby mot Örgryte. Värvningen kommer efter att IFK Göteborg riskerar att förlora spelare offensivt – Sebastian Clemmensen jagas av Rio Ave och Max Fenger av Jagiellonia Bialystok.
Zugelj kom till Djurgården inför fjolårssäsongen och har totalt gjort sju mål på 24 matcher.