Den 23-årige yttern kom från Hammarby i början av förra året. På totalt 75 matcher har han gjort sju mål och sju assist.
Hammarby får dock en del av kakan. Bajenklubben har rätt till 25 procent av hela övergångssumman – omkring fyra miljoner kronor, uppger GP.
Avtalet med Rio Ave gäller till sommaren 2030.
– Jag har fått många fina minnen i Blåvitt och det har varit fantastiskt att spela inför alla supportrar på Gamla Ullevi, säger Clemmensen.
Blåvitts fotbollschef Jesper Jansson meddelade under dagen att han lämnar klubben.
– Vi är nöjda med övergången, samtidigt som vi känner oss välbemannade på Sebastians position under hösten, säger han.
Försäljningen sker mitt under säsongen när IFK Göteborg ligger i mitten av Allsvenskan.