Blåvitt möter sex lag i ligafasen. Hemma kommer Pafos från Cypern, FK Borac från Bosnien och Hercegovina samt Inter Escaldes från Andorra.
Bortamatcherna spelas mot Atalanta i Italien, Kairat Almaty i Kazakstan och Iberia Tbilisi i Georgien.
Mjällby hamnade i Conference League efter gårdagens förlust mot RB Salzburg i Europa League-playoffet. Ligafasen inleds den 15 oktober.
Det är första gången Mjällby spelar i Europa.