Elliot Stroud gav Mjällby ledningen i den 19:e minuten med ett klassigt mål. Paulos Abraham kvitterade bara tre minuter senare.
Jacob Bergström satte 2-1 strax innan halvtid. Därefter blev det defensiv kamp.
Matchen slutade i kaos. Hammarby ville ha straff när Abraham föll i straffområdet i slutminuten. Domaren friade.
Minuten innan blev Mjällbys Viktor Gustafson utvisad efter att ha dragit Nikola Vasic i håret.
– Vad ska jag säga, deras spelare tar en stor risk. Domaren kunde ha gett den. Vi säger alltid att vi inte vill ha VAR, men vi ser sådant varje vecka, säger Hammarbys målvakt Warner Hahn.
Hammarby-spelarna vägrade ta emot sina silvermedaljer efter matchen.
– Det börjar bli tråkigt, säger Hahn.
Tvåa i allsvenskan 2024. Tvåa i allsvenskan 2025. Nu ännu ett silver.
För Mjällby är det andra raka storvinsten efter SM-guldet förra året.