Elliot Stroud sköt vackert 1-0 i den 19:e minuten. Tre minuter senare kvitterade Paulos Abraham efter passning från Hampus Skoglund.
Strax före paus återtog Jacob Bergström ledningen för Mjällby. Jeppe Kjaer hittade honom i straffområdet.
Matchen slutade i kaos. Tio minuters tilläggstid. Abraham föll i straffområdet men domaren friade.
– Vi säger att vi inte vill ha VAR, men vi fortsätter att se misstag varje vecka, säger Warner Hahn.
Minuten innan hade Viktor Gustafson blivit utvisad efter att ha dragit Nikola Vasic i håret.
Hammarby tog inte emot sina silvermedaljer efteråt.
– Det börjar bli tråkigt, säger Hahn.
Tom Pettersson fick spela på smärtstillande. Han är 36 år.
– Det är enormt stort. Det är inte bara vi som kommer minnas det här resten av livet, säger Pettersson.
Mjällby vann SM-guld förra året. Nu också cupen. Blekingeklubben växer.